Jason Becker mulai bermain bersama Marty Friedman dalam duo yang diproduseri Mike Varney, Cacophony. Bersama-sama, mereka merilis dua album, Speed Metal Symphony dan Go Off! dan melakukan tur di Jepang dan A.S. Meskipun mereka tidak pernah menjadi mainstream di A.S, mereka membuktikan cukup terkenal di Eropa. Pada tahun 1989 Becker bergabung dengan band solo David Lee Roth, setelah merilis album solo pertamanya yang berjudul Perpetual Burn pada tahun 1988, sementara Friedman bergabung dengan Megadeth pada tahun 1990. Sejak saat itu, ia telah merilis album Perspective, Collection dan Triumphant Hearts, serta dua album demo yang diberi judul The Raspberry Jams dan The Blackberry Jams.
Pada tahun 1989, Becker bergabung dengan band solo David Lee Roth untuk mengerjakan album ketiganya A Little Ain’t Enough, menggantikan Steve Vai, yang meninggalkan band untuk melakukan rekaman dan tur bersama Whitesnake. Saat mempersiapkan album tersebut, Becker mulai merasakan apa yang ia sebut sebagai “lazy limp” di kaki kirinya. Dia segera didiagnosis dengan Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS; penyakit Lou Gehrig) dan di diagnosa hanya tiga sampai lima tahun untuk hidup.
ALS-nya secara bertahap merampas kemampuannya untuk bermain gitar, berjalan, dan akhirnya kemampuannya untuk berbicara. Dia sekarang berkomunikasi dengan matanya melalui sistem yang dikembangkan oleh ayahnya. Karena sifat penyakitnya, mentalnya tetap tajam dan, dengan bantuan komputer, ia terus mengarang.
Pada tahun 1996, Becker merilis album berjudul Perspective, sebuah album instrumental yang dikarang olehnya (dengan pengecualian lagu Bob Dylan, “Meet Me in the Morning”). Penulisan musik telah dimulai sebelum ALS benar-benar melumpuhkan kemampuannya. Dengan menggunakan gitar, dan kemudian, ketika ia tidak dapat menggunakan kedua tangannya, sebuah keyboard, ia terus menggubah musik sementara penyakitnya memburuk. Namun, ketika Becker tidak bisa lagi memainkan keyboard secara fisik, teman dan produser musiknya, Mike Bemesderfer, membantunya dengan sebuah program komputer untuk menggubah musik yang dapat membaca gerakan kepala dan matanya, sehingga Becker dapat terus menggubah musik setelah ia kehilangan kendali atas bagian tubuhnya yang lain.
Dua album penghormatan untuk Jason Becker telah diterbitkan. Masing-masing berjudul Warmth in the Wilderness I dan Warmth in the Wilderness II, yang menampilkan gitaris seperti Steve Vai, Paul Gilbert, Marty Friedman, Joe Becker, Rusty Cooley, dan Mattias Eklundh. Keuntungan dari album ini dikirimkan kepada Becker untuk membantunya membiayai pengobatan.
